西暦5012年。突如地球へと飛来してきた＜エイリアン＞と、彼らが生み出した＜機械生命体＞により、人類は絶滅の危機に陥った。月へと逃げのびた僅かな人類は、地球奪還のため、＜アンドロイド＞の兵士を用いた反攻作戦を開始。しかし無限に増殖し続ける＜機械生命体＞を前に、戦いは膠着状態に陥る。人類は最終兵器として、新型のアンドロイド＜ヨルハ＞部隊を地球へと派遣した。西暦11945年。「第243次降下作戦」が決行され、新たに＜ヨルハ＞部隊の＜2B＞と＜9S＞が地球へと派遣される。両名は機械生命体の基幹ユニット＜アダム＞及び＜イヴ＞の撃破に成功。これを敵の殲滅、及び永きに亘る戦争終結への好機と捉えた＜人類軍＞は、機械生命体に対し総攻撃をかける決断を下す。これは運命に翻弄された＜アンドロイド＞たちの、戦いと願いの記録ーー。